Resources:
シングルセル分解能の大規模実験
サンプルの完全な不均一性を数百から数万の細胞でキャプチャー
マルチオミックス
3’mRNA、細胞表面タンパク質、CRISPR摂動などの解析
業界をリードする性能
高い細胞回収率で希な転写産物やキャプチャーできないことが多い低RNA含有細胞でも検出感度を向上し、信頼性の高いデータを取得
効率的なデータ解析
パワフルかつ直感的なソフトウェアによってシングルセル遺伝子発現プロファイルの探索と解釈を支援
ラボ作業は1日
わずか1日でサンプルからシーケンス可能なライブラリーを作製
多様なサンプルに対応
新鮮・凍結サンプル、細胞全体、および核で実証済み
GEM-X の利点
感度、スループット、データ品質、サンプル回収率の向上
GEM-Xテクノロジーは次世代のChromiumアッセイを推進し、現在および将来の強力なシングルセル研究の基盤となります。改良されたマイクロ流路、アッセイ試薬、ソフトウェアのアップデートはすべて連携して働き、得られる知見を最大化します。
最大2倍の遺伝子を検出
以前のバージョンと比較して感度が大幅に向上
スループットが2倍に拡大
より低コストでより高いスループットなスケールのために
マルチプレット率を1/2に低減
一定数の細胞に対して少ない倍数でデータ品質を向上
最大80%の細胞捕捉効率
サンプル回収率の向上により、すべての測定を最大限に活用
ニーズに合わせた柔軟なソリューション
シングルセル遺伝子発現のスタンダード
最初の見解を手にする
シングルセル遺伝子発現実験を始めましょう。パイロット実験を始めたり、実験を最適化するための小規模プロジェクトに適したソリューションをぜひお使いください。
シングルセル遺伝子発現
シングルセルを使った探索をスタートさせましょう。パイロット実験の実施、予備実験の開始、サンプル前処理の最適化などをわずか500~1,000個の細胞で実行できます。
- 最初の見解を手にする
500~1,000個の細胞からなる小規模な解析でデータを取得します。
- サンプル調製の最適化
実験の成功を導く実験条件の改良を行います。
- サンプル調製から解析までサポート
技術的なリソースからユーザーフレンドリーなクラウドベースのデータ解析まで、エンドツーエンドのサポートを提供します。
マルチオミックス解析
細胞表面タンパク質の発現やCRISPRによる摂動と、3'遺伝子発現を同時に測定します。
CRISPR スクリーニング (Next GEM)
細胞内sgRNAや遺伝子発現の変化を直接捉え、CRISPRによる摂動の効果をシングルセルの分解能で評価します。
- 疾患に関与する新規候補遺伝子あるいは耐性ドライバー因子をスクリーニング
- より迅速なワークフローと向上された解像度で機能的な遺伝学的スクリーニングを強化
- 発生に関わる複雑な遺伝子制御経路を解明
細胞表面タンパク質
シングルセルの遺伝子とタンパク質発現を組み合わせて探索、新規細胞サブセットや希少細胞集団の発見します。
- タンパク質情報を追加し、異なる細胞表現型をさらに理解
- 同一細胞からトランスクリプトームとプロテオームの関係を解析
大規模なプロジェクト
医薬品のスクリーニングから前臨床試験まで、大規模なプロジェクトに適した相補的なソリューションを使い、意欲的にプロジェクトに取り組みましょう。
シングルセル遺伝子発現HT (Next GEM)
新装置Chromium Xのハイスループット(HT)遺伝子発現およびマルチオッミクス解析を使用することで、実験の可能性を広げ、100万細胞の研究を日常的に行えるようになります。
- 結果までの時間を短縮
1つのチップで最大16サンプル、数十万個のシングルセルを同時解析
- スケールメリットを享受
3' CellPlexのサンプルマルチプレックスやターゲット遺伝子発現パネルと組み合わせることで、実験や解析にかかるコストを削減し、大規模なプロジェクトを実行
- サンプル準備から解析までサポート
テクニカル資料から、ユーザーフレンドリーなクラウドデータ解析まで、エンドツーエンドでサポート
3’CellPlexによるサンプルマルチプレックス (Next GEM)
最大12サンプルを可能にするエンドツーエンドのサンプルマルチプレックスソリューションにより、シングルセル研究のスケールアップを実現します。
- さらなる洞察を広げる
マルチプレックスで細胞とサンプルのスループットを向上し、サンプルコストを低減する一方で大規模なシングルセル 実験を可能にします。
- 幅広いサンプルの互換性
患者由来サンプルやセルライン、そして細胞あるいは核など多様なサンプルに互換性のある試薬セットでサンプルをマルチプレックス化します。
- エンドツーエンドのソリューション
完全にサポートされたプロトコールとデマルチプレックス機能を備えた統合データ解析パイプラインを活用し、効率よく大規模なシングルセル 実験を行えます。
ワークフロー自動化
Chromium Connectのシングルセル遺伝子発現により、ラボの生産性を最大化し、一貫性と再現性のある結果を得ることができます。
自動化されたシングルセル遺伝子発現 (Next GEM)
Chromium Connectで遺伝子発現ワークフローを自動化することで、細胞の不均一性の探求、新規ターゲットやバイオマーカーの発見、複雑な細胞プロセスの解明などの生産性を向上させることができます。
- 生産性を向上
ハンズオンタイムを短縮し、シングルセルからシーケンス用の遺伝子発現ライブラリー作製まで、利便性を実現します。
- ワークフローの標準化
実験、ユーザー、さらには複数のサイトにまたがって、一貫性と再現性のあるシングルセル遺伝子発現データを生成します。
- オペレーションの効率化
自動化専用の試薬を使用します。色分けされ、二次元バーコードが付いているため、試薬のトラッキングやローディングのミスを防ぐことができます。
実績のある結果
論文
Single-cell RNA-seq reveals cell type–specific molecular and genetic associations to lupus
Single-cell RNA-seq reveals cell type–specific molecular and genetic associations to lupus
Richard K Perez, et al. Science (2022).
Richard K Perez, et al. Science (2022).
Single-cell atlas reveals correlates of high cognitive function, dementia, and resilience to Alzheimer’s disease pathology
Single-cell atlas reveals correlates of high cognitive function, dementia, and resilience to Alzheimer’s disease pathology
Hansruedi Mathys, et al. Cell (2023).
Hansruedi Mathys, et al. Cell (2023).
An autocrine signaling circuit in hepatic stellate cells underlies advanced fibrosis in nonalcoholic steatohepatitis
An autocrine signaling circuit in hepatic stellate cells underlies advanced fibrosis in nonalcoholic steatohepatitis
Shuang Wang, et al. Science Translational Medicine (2023).
Shuang Wang, et al. Science Translational Medicine (2023).
リソース
Chromiumシングルセル遺伝子発現の最新アプリケーションノートや製品資料をご覧ください。
実験計画ガイド:シングルセル遺伝子発現解析を始めよう
実験計画ガイド:シングルセル遺伝子発現解析を始めよう
実験計画ガイド, 10x Genomics
実験計画ガイド, 10x Genomics
Grant application resources for Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression
Grant application resources for Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression
予算申請用資料, 10x Genomics
予算申請用資料, 10x Genomics
The neXt generation of single cell starts with GEM-X
The neXt generation of single cell starts with GEM-X
GEM-X Single Cell Flyer, 10x Genomics
GEM-X Single Cell Flyer, 10x Genomics
エンドツーエンドのソリューション
Next GEM技術を用いたChromium装置
拡張可能な装置
Chromium シングルセル遺伝子発現試薬
10xの試薬キットを用い、3’ mRNAや細胞表面タンパク質、CRISPR摂動などを介して細胞の多様性を探索することができます。
グローバルな技術・カスタマーサポート
専門サポートチームが電話またはeメール(support@10xgenomics.com)で対応いたします。
よくある質問
全トランスクリプトームまたはターゲット遺伝子発現プロファイルと、細胞表面タンパク質、CRISPR修飾などを同時に得ることで複雑な生命科学に多次元的な見方を加えることができます。
ポリアデニル化されたmRNA分子を発現している細胞はすべて、このシングルセルRNA-seqワークフローと互換性があります。
Chromiumシングルセル遺伝子発現は、新鮮、固定(メタノール)、凍結保存されたシングルセルまたは核懸濁液と互換性があります。種は、ヒト、マウス、ラット、モデル生物、植物など多岐にわたります。
10x Genomics Cloud Analysis を使用すると、最適化されたスケーラブルなインフラストラクチャを活用して、シンプルな Web インターフェースで単一細胞遺伝子発現データを処理し、迅速な結果を得ることができます。ユーザーは、Cloud Analysis を通じて Cell Ranger パイプラインを設定および実行できます。Cell Ranger は、各細胞の発現プロファイルを自動的に生成し、類似した発現プロファイルを持つ細胞のクラスターを識別する一連の分析パイプラインです。その後、Loupe Browser を使用して結果をインタラクティブに探索できます。
10x Genomicsでは直径30μmまでの細胞をテストしています。多くのお客様の論文では、肝細胞、線維芽細胞、心筋細胞など、一般的に30μmをはるかに超えるサイズの細胞を使い実証されています。
Next GEMとGEM-Xチップはいずれも、Chromiumのワークフローの一環としてエマルジョン中のゲルビーズ(GEM)を効率的に生成します。しかし、GEM-Xチップにはより高いパフォーマンスを発揮する新技術が使用されており、基本設計、設定および細胞分画サイズはすべて、Next GEMおよびこれまでのアッセイから得られた豊富な経験に基づいて最適化されています。GEM-Xチップは、10xの全範囲のChromiumアッセイをサポートするChromium XおよびiX機器でのみ使用できます。