フローサイトメトリーでは、固有のスペクトルの重複により測定できるタンパク質の数が限られています。Feature Barcodeテクノロジーは蛍光補正を必要とせずに数百個のパラメータを測定することができます。フローサイトメトリーで得られた蛍光強度の分布と、Feature Barcodeの信号から得たUMIカウントをそれぞれ比較したところ、2つの技術によって生成された細胞分布プロファイルは非常に一致していることがわかりました。マルチオミックスサイトメトリーを使用すると、各細胞について、遺伝子発現、T/B細胞のTCR/Ig配列、抗原特異性情報を重ね合わせることができ、細胞の同一性、状態、および機能を正確に特徴化することができます。

抗体にカスタムでオリゴを付加することで10x Genomics ワークフローを使用することができます。BioLegendのカスタムサービスやAbcamのカスタム結合キットを使用して、オリゴ付き抗体の入手、作製ができます。

特定の集団や希少な細胞タイプの濃縮に興味がある場合は、10x Genomics ライブラリー調製の前に細胞をソーティングできます。細胞は、フロー抗体と一緒にオリゴ結合抗体で染色できます。

細胞表面タンパク質の解析は、遺伝子発現や免疫プロファイリング解析なしでも行えます。細胞が染色されると、細胞はcDNA分子がバーコード化されたGEMに分割されます。得られたcDNAは、細胞表面タンパク質ライブラリーを生成するために使用されます。

10x Genomicsは、Cell Ranger、Loupe Browser、Loupe V(D)J Browserを含む解析および視覚化ソフトウェアを提供しています。Cell Rangerは、各細胞の遺伝子および/またはタンパク質に基づいた発現プロファイルを自動的に生成し、細胞のクラスタを識別する解析パイプラインです。その結果は、10xのインターアクティブな視覚化ソフトウェアであるLoupe BrowserとLoupe V(D)J Browserにて解析することができます。