シングルセルデータ解析への道のり
バイオインフォマティクスのスキルがなくても、10xのソフトウェアツールがあればシングルセルデータの処理、視覚化、探索が容易です。
配列の生データをシングルセルの所見に変換
Cell Rangerは、Chromiumシングルセルデータを処理するために無料で提供する解析パイプラインです。
Cell Rangerでリードのアライメント、cell-featureマトリックスの生成、クラスタリング、二次解析を開始します
Cell Rangerは、生の配列データの処理、QC実行、セルバーコードの識別、遺伝子発現量の定量をシングルセルレベルで行うことができます。
Cell Rangerを実行するウェブアプリケーションCloud Analysisで結果取得までの時間を短縮
お使いのウェブブラウザからCloud Analysisを経由してCell Rangerにアクセスします。
Loupe Browserでデータを掘り下げる10の方法
Loupe BrowserはWindowsおよびMacOS用のデスクトップアプリケーションで、データをインタラクティブに視覚化することができます。
Loupeを使ってSeurat解析をさらに深く。コードは不要
LoupeRは、SeuratオブジェクトからLoupe Browser用のファイルを生成するRパッケージです。
LoupeRを利用することで、コマンドラインによるデータラングリングを行うことなく、シームレスにLoupe内でSeuratデータを探索することができます。
処理群と対照群で発現に差のある遺伝子を検出
複数サンプルの比較も簡単に実行でき、繰り返すことができます。
選んだ遺伝子の発現を迅速に視覚化
発現結果の差異をすばやくプロット
発現に違いのあった遺伝子を、インタラクティブなヒートマップやバイオリンプロットで表して探索します。
細胞種のアノテーションも容易
既存の細胞種別を初めからやり直すことも、精細化することもできます。
迅速でインタラクティブな発現差異解析を実行
データサブセットを再解析して新しい細胞種を検出
対象となる細胞種を絞り込むか、あるいは低品質のデータをフィルタリングして除外します。
わずか数回のクリックで高解像度の図を作成
Loupe Browserでは、プレゼンテーションや出版に使用できるSVGおよびPNG形式の画像を簡単に作成できます。
高度なフィルター機能による細胞の特性解析
ブール演算子を用いてルールのカスタムセットを作成することで、特定のバーコードセットに注目します。
シングルセルのV(D)J、ATAC、空間的遺伝子発現など、多様なデータ様式を探索
Loupe Browserは10x Genomicsのシングルセルデータおよび空間的データの全容をサポートしています。
約90万個のヒト非小細胞肺癌細胞および隣接する正常細胞からなる集合体
SpeciesHumanTissueLungNumber of cells897,733Assay used
アルツハイマー病マウスモデル―1つの大脳半球の脳冠状断面の経時的変化
SpeciesMouseTissueBrainNumber of cells33,459